2004年9月，公司控股长盛基金管理有限公司；2005年10月公司取得创新试点证券公司资格；2006年6月，公司获批在香港设立国元证券（香港）有限公司；2007年7月公司获批注资控股国元期货经纪有限公司； 2007年8月，在中国证监会组织的证券公司分类评选中被评为A类A级证券公司；2007年10月，经中国证监会批准，公司收购原天勤证券13家营业部正式新设开业； 2007年10月30日公司在深圳证券交易所成功上市（股票代码：000728）。

证券（含境内上市外资股）的代理买卖；代理证券的还本付息、分红派息；证券代保管、鉴证；代理登记开户；证券的自营买卖；证券（含境内上市外资股）的承销（含主承销）；证券投资咨询（含财务顾问）；受托投资管理；中国证监会批准的其他业务。

国元证券成立以来，发展大致经历四个阶段：创建风控体系，规范发展阶段（2001-2005年）；抢抓市场机遇，快速扩张阶段（2006-2011年）；回归资本中介，创新发展阶段（2012-2014年）；服务实体经济，打造现代投行阶段（2015-至今）。

创建风控体系，规范发展阶段（2001年-2005年）

成立之初提出“三到五年站稳脚跟、五到十年跻身全国一流券商行列”的中期发展目标，长期目标是建设“百年老店”，并确立“稳健经营，控制风险”的经营方针。2005年10月，成为全国第13家创新试点证券公司。

抢抓市场机遇，快速扩张阶段（2006年-2011年）

2007年10月公司借壳“北京化二”正式迈入公众公司行列。2009年10月，定向增发募集资金100亿元，资本实力跻身行业前列。

2006年，设立香港子公司国元国际，成为中国证监会批准设立的首家境外中资证券公司；2007年，托管、收购天勤证券；2010年，收购五矿海勤期货，更名为国元期货。

回归资本中介，创新发展阶段（2012年—2014年）

先后获得“融资融券”“股票质押”“报价回购”“转融通”“RQFII”“OTC”“互联网证券”等20多项创新业务资格。2012年发布“国元皖江30指数”，是国内首个省级区域股票指数。2013年9月，牵头组建安徽省股权交易托管中心。

服务实体经济，打造现代投行阶段（2015年--至今）

近年来，逐步形成了创造了“投行+投资”“股权+债券”“质押+纾困”“场内+场外”“期货+保险”等服务实体经济模式，更好地与企业发展需求相匹配，为各类市场主体提供优质高效的全业务链服务。安徽省内137家上市公司中,由国元证券提供资本市场服务的超一半以上。

2020年1月11日，国元证券股份有限公司位列“2019中国企业社会责任500优榜单”第359位。